La garantie saute car tu as modifié ton moteur et en cas de pepin ( meme si de toute maniere ca aurait pété sans la repro ) VW se retranchera derriere le fait que tu as modifié ta voiture, que tu n es pas qualifié, qu il y a des normes a respecté, que sans cela y'aurait pas eu de casse ect...
Now c'est only s'ils voient ta repro, s'ils ne voient rien y'a no soucis.
L'ideal etant si tu as un soucis de la faire depro / reparer / repro, chose que tout bon reprogrammateur pro te fera gracieusement.
Apres concernant la dangerosité pour le moteur, je te dirais que tt que tu respectes ta mecanique il n'y a pas de soucis. Et tt que tu restes dans une repro " normal " et que tu ne demandes pas de repro extreme ou faites par amateur.